من مخاطر الطب الشعبي الآثار المباشرة مثل الألم الحاد وتشويه أجزاء الجسم واحداث جروح وخلع وكسور وهنالك الأثر النفسي السيئ الذي يخلفه ومعروف ان كثيراً من ممارسي الطب الشعبي يتميزون بالقسوة في تناول مرضاهم - ربما لإضافة العامل النفسي في العلاج - وأيضاً من مخاطر الطب الشعبي ان المريض يهمل مرضه بتتبع التداوي بشيء غير مجد حتى يستفحل عنده الدواء.
وأخطر ما في الطب الشعبي انه لا يخضع لرقابة ولا إحصائيات لآثاره السلبية، ولا أحد يدري كم من المصائب حدثت من جراء تغول البعض وامتهانهم مهنة ابتدعوها من غير حسيب ولا رقيب.